Theo cáo buộc, thời điểm dịch bệnh Covid-19 bùng phát, lợi dụng chủ trương của Nhà nước về việc giao các đơn vị chủ động nghiên cứu chế tạo sinh phẩm phục vụ công tác phòng, chống dịch, Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt đã thông đồng, câu kết với các bị can là những người có chức vụ, quyền hạn tại Bộ KH&CN, Bộ Y tế, Văn phòng Chính phủ để Công ty Việt Á được phối hợp tham gia thực hiện Đề tài nghiên cứu cấp Quốc gia về test xét nghiệm do Bộ KH&CN đại diện chủ sở hữu.
Từ đây, loạt sai phạm của Công ty Việt Á, của những người có chức vụ, quyền hạn tại Bộ KH&CN, Bộ Y tế, Văn phòng Chính phủ đã bị phát hiện.
Cáo trạng thể hiện, ông Nguyễn Văn Trịnh (cựu Trợ lý Phó Thủ tướng Chính phủ) đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao có những hành vi vi phạm nhằm giúp đỡ Công ty Việt Á trong quá trình phối hợp nghiên cứu Đề tài, cấp số đăng ký lưu hành, tiêu thụ test xét nghiệm,
Cụ thể, ông Trịnh đã trực tiếp chỉnh sửa file mềm văn bản 465 ngày 4/2/2020 theo hướng bỏ bớt nội dung để có lợi cho Công ty Việt Á trong việc tiêu thụ test xét nghiệm chuẩn bị sản xuất.
Sau đó văn bản này được chuyển lại để ông Đức ký ban hành văn bản số 724 ngày 18/2/2020 thay thế văn bản số 465 ngày 4/2/2020.
Ông Trịnh còn hướng dẫn Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt soạn công văn đề nghị cấp số đăng ký lưu hành khẩn cấp cho test xét nghiệm của Công ty Việt Á, gửi ông Trịnh kiểm duyệt nội dung trước khi gửi Bộ Y tế.
Để giúp Việt Á, cựu Trợ lý Phó Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo ông Nguyễn Huỳnh, Phó trưởng Phòng Quản lý giá thuốc- Cục Quản lý dược; nguyên Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế kiểm tra và giới thiệu cho ông Phan Quốc Việt đơn vị thuộc Bộ Y tế có chức năng kiểm định chất lượng sinh phẩm y tế để ông Việt liên hệ, thực hiện kiểm định chất lượng test xét nghiệm phục vụ lập hồ sơ xin cấp số đăng ký lưu hành.
Không những thế, ông Nguyễn Văn Trịnh còn can thiệp, tác động để ông Nguyễn Minh Tuấn, khi đó là Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế- Bộ Y tế hoàn thiện hồ sơ trình lãnh đạo Bộ Y tế ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành test xét nghiệm cho Công ty Việt Á trái quy định.
Ông Trịnh can thiệp, tác động ông Nguyễn Nam Liên, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính giúp Công ty Việt Á được Bộ Y tế sử dụng nguồn tiền tài trợ từ các ngân hàng TMCP để thanh toán tiền mua 200.000 test xét nghiệm với đơn giá 470.000 đồng/test, trong khi giá này chưa có căn cứ để thanh toán, đang bị Bộ Y tế kiểm tra.
Căn cứ kết quả thực nghiệm điều tra, kết quả điều tra tại Bộ Y tế, Công ty Việt Á và các đơn vị cung cấp hóa chất đầu vào cho Công ty Việt Á phục vụ sản xuất test xét nghiệm, hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng tư và hạch toán chi phí của Công ty Việt Á trong việc sản xuất test xét nghiệm…, CQĐT xác định giá thành sản xuất 1 test xét nghiệm của Công ty Việt Á là 143.461 đồng (gồm chi phí nguyên liệu, vật liệu trực tiếp và các chi phí khác, lợi nhuận 5% thuế).
Giá sản xuất 1 test xét nghiệm là 143.461 đồng nhưng ông Phan Quốc Việt đã nâng khống giá trị nguyên vật liệu đầu vào trong cơ cấu đơn giá đưa ra để hiệp thương và được Bộ Y tế xác định giá 470.000 đồng/test. Nhờ vậy, Công ty Việt Á đã thu về lợi nhuận hơn 1.235 tỷ đồng.
Cáo buộc cho rằng, hành vi nêu trên của ông Nguyễn Văn Trịnh đã giúp Công ty Việt Á biến test xét nghiệm thuộc sở hữu Nhà nước thành sản phẩm của Công ty Việt Á, được sản xuất, bán thương mại trái phép, gây thiệt hại hơn 1.235 tỷ đồng, trong đó thiệt hại cho Ngân sách Nhà nước hơn 402 tỷ đồng. Ông Trịnh bị cáo buộc đã phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Quá trình giúp Công ty Việt Á trái quy định của pháp luật, ông Nguyễn Văn Trịnh được Chủ tịch Việt Á Phan Quốc Việt cám ơn 2 lần với tổng số tiền là 200.000 USD (tương đương hơn 4 tỷ đồng).