Tuy nhiên, một số tài liệu lại lý giải, sở dĩ Bá hộ Kim xây dựng tháp Rùa là có mục đích riêng, nhằm táng hài cốt cha mẹ mình vào đó. Giả thuyết này bắt đầu từ một tài liệu do nhà nghiên cứu Doãn Kế Thiện văn bản hóa từ năm 1959, sau đó được một số tài liệu khác trích dẫn lại. Tuy nhiên, câu chuyện thực sự đằng sau việc xây dựng tháp rùa của Bá hộ Kim hiện vẫn là một bí ẩn.
Có một điều thú vị, đó là vào năm 1890, chỉ vài năm sau khi tháp rùa được Bá hộ Kim xây dựng, thì người Pháp đã đặt trên đỉnh tháp tượng Nữ thần Tự Do phiên bản thu nhỏ (bằng 1/16 so với nguyên mẫu đặt ở New York).
Bá hộ Kim tên thật là Nguyễn Hữu Kim (1832 – 1901), chức danh Bá Hộ lúc đó cũng chỉ tương đương với trưởng phường hiện nay. Tuy nhiên tên tuổi của ông đã lưu danh khi là tác giả của công trình Tháp Rùa năm 1886, xây dựng trên Gò Rùa, là gò đất mà thời xưa vua Lê Thánh Tông đã cho dựng Điếu Đài để câu cá.
Ngoài ra, Bá hộ Kim cũng chính là người dám đứng ra tổ chức chôn cất cho quan Tổng đốc Hoàng Diệu. Lúc đó, sau khi Hoàng Diệu thất bại trong việc bảo vệ Hà Nội trước cuộc tấn công của Pháp, nhiều quan lại đã bỏ trốn hoặc đầu hàng, không ai dám đứng ra mai táng cho cụ Hoàng Diệu. Trong khi đó, ông Kim lại là người đã bỏ tiền mua áo quan, làm lễ đưa mộ Hoàng Diệu về gần miếu Trung Liệt. Việc làm này chứng tỏ ông Kim đã thể hiện lòng dũng cảm và thương xót một người anh hùng đã hy sinh anh dũng vì đất nước.
Sau đó, thời Pháp cai trị Hà Nội, ông Kim được phong là Tri phủ Thường Tín, rồi thương biện phủ Hoài Đức. Tuy nhiên ông cũng đã bị nghi kỵ, rồi bị cách chức, chỉ vì ông có người con gái tham gia phong trào chống Pháp. Người con gái của ông tên là Khuê, sau này trở thành nguyên mẫu trong tiểu thuyết “Bóng nước Hồ Gươm” của Chu Thiên, một cuốn sách mô tả phong trào chống Pháp quyết liệt của người Hà Nội. Trở lại với câu chuyện Tháp Rùa, đã tồn tại ít nhất là 140 năm qua, chỉ riêng chuyện tháp được xây dựng chính xác vào thời điểm nào đã là một tranh cãi. Những gì chúng ta được nghe, được biết về công trình mang tính biểu tượng này, thực chất chỉ qua tài liệu khảo cứu của các học giả nhiều thế hệ.
Trong đó, nhà nghiên cứu Nguyễn Dư tin rằng tháp Rùa được xây trong khoảng từ tháng 6/1884 đến tháng 4/1886. Nhà Hà Nội học Nguyễn Vinh Phúc thì lại kết luận rằng: Công trình được xây vào năm 1877. Tuy nhiên, dù có những quan điểm dị biệt về thời điểm xây dựng như thế nào, thì hầu hết những tài liệu lịch sử được biết đến hiện nay đều nhất trí rằng, tháp Rùa là do một nhân vật có tên “Bá hộ Kim”, tên thật là Nguyễn Hữu Kim xây dựng.
Lâu nay, dựa theo truyền thuyết, câu chuyện kể lại đã không có cái nhìn thiện cảm với Bá hộ Kim – tác giả của công trình thế kỷ, nay đã trở thành một trong những biểu tượng của Hà Nội.
Trong cuốn “Cổ tích và thắng cảnh Hà Nội” của nhà nghiên cứu Doãn Kế Thiện (NXB Văn Hóa – 1959 – tr.78), tác giả đã đề cập đến lai lịch của Tháp Rùa như sau: “Gò Rùa là nơi Chúa Trịnh dựng Tả Vọng Đình để làm nơi nghỉ mát trong mùa hè. Năm 1884, một tên tay sai của thực dân pháp là Bá Kim hay Thương Kim, tin thuyết phong thủy nói gò này là kiểu đất “vạn đại công khanh”, để được hài cốt tiền nhân vào đó, con cháu sẽ muôn đời làm quan cao chức trọng. Bá Kim thèm muốn đất ấy nhưng vì là đất công nên không dám tự tiện. Về sau (bấy giờ chùa Báo Ân trên bờ hồ phía Đông vẫn còn), y mượn cớ xin với nhà chùa và lấy thế thực dân và bọn Việt gian Nguyễn Hữu Độ, xin tự bỏ tiền nhà xây một ngọn tháp lên trên Gò Rùa để làm hậu chẩm cho ngôi chùa”.
Chân dung Bá hộ Kim trong cuốn sách nay đã được “vẽ” lên như một kẻ đầy toan tính: “…Dùng một số tay chân làm thợ nề, dự định ngay đêm hôm khai móng, chờ đến khuya tối trời, đem hài cốt cha mẹ để sẵn trong hai quách nhỏ, ngầm chôn xuống giữa gò, rồi lấp kín, định hôm sau sẽ xây thành nền tháp cao”. Tuy nhiên, sau đó một điều bất ngờ đã xảy ra: “Sáng hôm sau, y hớn hở cùng người nhà và thợ nề vừa ra tới gò, thì bỗng kêu trời và ngã ra, hai cái quách gỗ đã bị lật lên từ lúc nào, chỉ còn quách không, hai bộ hài cốt đều không thấy đâu nữa, thì ra đã bị bới lên quăng cả xuống hồ rồi!. Không thực hiện được âm mưu, nhưng đã hứa với mọi người là xây tháp, không thể bỏ được, y đành phải cắn răng tiếp tục làm cho xong việc”.
Những câu chuyện chưa được lịch sử xác nhận trên đây không chỉ làm dấy lên những tranh cãi về chuyện tháp Rùa thực sự là một ngôi mộ. Mà hơn thế, nó còn khiến Bá Kim bị lịch sử “khép” vào tội lén táng hài cốt người thân vào mảnh đất linh thiêng. Tuy nhiên, phía sau màn sương mù mờ ảo của truyền thuyết nay, lịch sử về nhân vật Bá hộ Kim, về nguyên ủy thực sự liên quan đến chuyện xây dựng tháp Rùa vẫn là một bí ẩn lớn.
Chuyện Bá hộ Kim là người đứng lên xây tháp Rùa, các nhà nghiên cứu đều đã khẳng định. Tuy thế, chuyện Bá hộ Kim xây tháp Rùa để táng hài cốt song thân mình vào, thì đến nay vẫn chỉ là truyền thuyết dân gian. Mà truyền thuyết không thể được coi là một sự thật lịch sử.
Nếu như câu chuyện mục đích xây Tháp Rùa chỉ là truyền thuyết, thì có 1 câu chuyện khác liên quan tới ông được tư liệu ghi chép lại, đó là Bá hộ Kim chính là người dũng cảm đứng ra an táng cho Tổng đốc Hoàng Diệu, người đã tuẫn tiết sau khi thất bại trong việc chống lại quân Pháp khi trấn giữ thành Hà Nội.
Báo Tri Tân số 183 (ra ngày 21/4/1945) có đăng cuộc phỏng vấn ông Cử Tốn, do ông Nguyễn Phượng Tường thực hiện, trong đó, ông Tốn kể rằng: “Ngài (Tổng đốc Hoàng Diệu) vào Võ Miếu đóng sập cửa lại, cởi khăn chít buộc lên cây táo mà tự vẫn. Khi thành đã bị phá xong, trong hàng phố được tin quan tổng đốc tuẫn tiết rất thương xót. Ông Thương Kim (Bá hội Kim), một thân hào đã cũng dân hàng phố góp tiền mua áo quan đem chôn ở gần miếu Trung Liệt.
Rồi sau đó lại di ra dinh quan đốc học”. Ngoài ra, với những tư liệu của hậu duệ Bá hộ Kim, thì không thể có việc ông Bá hộ mang hài cốt cha mẹ ra táng ở Gò Rùa. Nếu có táng ở đó, thì mọi người trong gia đình sẽ phải có trách nhiệm ra đó hương khói hàng năm chứ không thể bỏ hoang được. Hiện dòng họ Nguyễn Hữu chỉ có duy nhất một nhà thờ tổ tại số 29 phố Hai Bà Trưng, hàng năm cứ vào dịp lễ tết thì mọi người trong họ phải quay về đây để làm lễ, kính nhớ tới tổ tiên.
Bá Hộ Kim vốn chuyên nghề xây dựng, nên lúc sinh thời, ông ấp ủ ý muốn để lại công trình nào đó cho con cháu. Trước tình cảnh xã hội là người Pháp chiếm được Hà Nội, và tiến hành xây dựng lại thành phố này để nó trở thành một thủ đô của toàn Đông Dương, thì có một vị trí gần như không bao giờ bị đụng tới ở Hà Nội, đó là Gò Rùa ở giữa Hồ Gươm. Bằng con mắt tinh đời của một nhà xây dựng, ông đã xây dựng 1 công trình pha hòa kiến trúc Đông – Tây ngay giữa hồ Hoàn Kiếm, và đó tồn tại hàng thế kỷ qua.
Một chi tiết thú vị liên quan tới Tháp Rùa. Tài liệu nói rằng công trình này được Bá hộ Kim xây xong năm 1886, thì chỉ 4 năm sau đó, người Pháp đã đặt trên đỉnh tháp tượng Nữ thần Tự Do, và hình ảnh đó đã được lưu lại trong rất nhiều hình ảnh sau đây.
Bức tượng Nữ Thần Tự Do nằm ở hải cảng New York khánh thành từ năm 1886 và nổi tiếng toàn thế giới cho tới nay. Xuất hiện sau đó chỉ 1 năm (1887), ở Hà Nội – Việt Nam cũng đã từng có tượng Nữ Thần Tự Do giống với phiên bản tượng Nữ Thần ở Mỹ, nhưng nhỏ hơn 16 lần.